El 31 de Agosto del 2006 se inauguró el Museo de la Historia de la Medicina, cuya misión es la de fomentar la colaboración, establecer relaciones interinstitucionales, intercambiar información y desarrollar proyectos integrales para el rescate, conservación y difusión del patrimonio histórico y cultural del Hospital Civil de Guadalajara.
Cuenta con exposición fija, que incluyen piezas de cerámica prehispánicas "de alto valor artístico", obras pictóricas de óleo y acuarela, biblioteca, videoteca, hemeroteca, fototeca, videoteca, farmacia antigua, artesanía contemporánea de Ocumichu e instrumentos técnicos médicos del siglo XIX y XX, además de tener una colección de restos humanos que investigan desde el punto de vista genético.

Tiene una sala de exposición permanente de instrumentos, pinturas, fotografías, figuras de barro prehispánicas, La Salud y la enfermedad de cerámica policromada contemporánea de Ocumicho, Mich. (serie completa), fetos, cráneos, sustancias químicas y medicamentos antiguos, objetos de medicina forense, biblioteca y hemeroteca, esculturas, todos ellos relacionados con la medicina y la salud.

31 de agosto de 2006